evaluateImage を使って画像の不透明度を減らします。
<?php
// 新しいオブジェクトを画像から作成します
$im = new Imagick('example-alpha.png');
// アルファを 50% に減らします
$im->evaluateImage(Imagick::EVALUATE_DIVIDE, 2, Imagick::CHANNEL_ALPHA);
// 画像を出力します
header("Content-Type: image/png");
echo $im;
?>